全球知名增長咨詢公司 Frost & Sullivan (弗若斯特沙利文) 公司于2010年8月發表研究報告，認為雖然目前第二代生物燃料市場面臨諸多問題，市場規模也不大，但其前景誘人。隨著第二代生物燃料技術的逐步成熟，將來的市場發展將呈指數式上升。
第二代生物燃料指的是以麥稈、稻草和木屑等農林廢棄物或藻類、紙漿廢液為主要原料，使用纖維素酶或其他發酵手段將其轉化為生物乙醇或生物柴油的模式。第二代生物燃料與第一代最重要的區別在于其不再以糧食作物為原料，從而最大限度地降低了對食品供應的威脅。第二代生物燃料不僅有助于減少對傳統化石能源的依賴，也能減少溫室氣體的排放，對實現全球可持續性發展具有重要作用。許多國家都制定了或是正在執行相關計劃，大力發展第二代生物燃料。
Frost & Sullivan預計2011年將是第二代生物燃料技術大規模工業化的一年，市場規模將以每年200,000噸的速度擴大。在2017年前后，第二代生物燃料有望成為能源的重要組成部分。
技術分析
第二代生物燃料的發展離不開技術，唯有其技術的不斷更新，方能使其發揮優勢，不斷開拓市場。目前生物燃料生產技術的主要技術方法主要有水解發酵、氣化發酵、氣化催化合成和熱解。雖然這些技術現在都還處在實驗階段，但是近年來各國及各大企業都投入巨資研發，成果不斷。
我國擁有豐富的纖維素資源。據估算，我國每年生產的農作物秸稈、谷糠和餅粕的總產量高達7.8 億噸以上，其中玉米秸稈占3.3億噸（占總量的42.4%）、小麥秸稈占1.5億噸（占19.7%），而稻草秸稈占1.2億噸（占15.3%），此三類纖維素占全國總纖維素產量的77.4%以上。不過，目前大量的秸稈主要被用于生物質直燃發電，燃燒轉換效率并不高。由于缺乏成熟的秸稈制備燃料乙醇技術，纖維素制備乙醇的轉化成本偏高。一旦該項技術取得重大突破，無論從單位秸稈生產出產品的熱值還是產品的價值計算，都將構成生物質直燃發電的有力競爭對手。
纖維素乙醇所應用的技術主要是水解發酵技術，該技術首先采用弱酸、弱堿或者酶水解原材料，破壞纖維素和半纖維素，使其轉化成為C5、C6糖類。這些糖類再進一步發酵成為酒精。
纖維素乙醇技術的優點是以熱水和酶作為基礎，流程簡單，碳排放明顯低于其他生物燃料技術。全程不需要高溫高壓。纖維素預處理階段基本就能將纖維素全部水解，而不能處理的木質素也可以通過分離燃燒產生能源。當然它也有其缺點，比如預處理成本比較高、產率較低等等�，F在各主要公司的研究團隊和相關科研機構都加大了對預處理過程及新型水解酶和酵母的研發力度，使該技術的發展充滿機會。帝斯曼公司于2010年6月28日宣布研發出新型的酵母技術，據稱能將水解和發酵效率提高一倍。
市場分析
第二代生物燃料目前正處于起步階段，在國內還沒有形成大規模生產。現在國內主要的生物燃料公司，包括吉林燃料乙醇有限責任公司、河南天冠集團、安徽豐原生物化學股份有限公司和黑龍江華潤酒精有限公司，都屬于第一代生物燃料企業。但是隨著近年來糧食價格不斷攀升以及中國政府引導發展非糧生物燃料政策的出臺，這些企業在積極研發下一代生物燃料技術。08年以來，重點發展的非糧燃料企業多采用1.5代生物燃料技術，原料主要采用木薯(華南)、甘薯(華中、西南)與甜高粱(華北、華東)等作物。隨著近年來薯類成本上升較多，薯類制備生物乙醇能否維持盈利也是該產業的一大疑問。
中國參與第二代生物燃料技術研發的只有河南天冠集團等少數幾家企業，但運營規模還非常小，諾維信公司已經同中糧集團和中石化開展合作，研究纖維素乙醇。2008年，美國纖維素乙醇的成本為約2到4美元每加侖（3.6-7.2人民幣/升）。第一代乙醇工廠以玉米為原料生產乙醇的成本約為每加侖1.5美元（2.7人民幣/升），但加上稅收和分銷支出，其價格比燃氣價格更高。纖維乙醇的價格必須通過可行的技術達到降低目的。
技術發展及市場競爭
由于整個行業還處于剛剛起步階段，市場規模偏小，因而沒有激烈的市場競爭。先期進入的企業一旦確立了技術優勢，就能在市場競爭中處于有利地位。隨著政策扶持力度加大和新進入企業增多，預計未來技術進步的步伐會越來越快。
替代品的威脅
作為傳統化石能源的替代品，生物燃料的重要性會隨著石油、煤炭等能源的儲量減少和價格攀升逐步增強。然而，由于目前生產成本相對較高、技術尚不成熟，生物燃料也受到包括生物質直燃發電、太陽能、風能、水電在內的其他可再生能源的威脅。不過，在可預計的未來，生物燃料有望憑借其能夠兼容現有汽油機、柴油機、能與汽油、柴油摻雜使用而且能量密度高、蓄能方便等優勢占有越來越重要的地位。
穩定的銷售模式
在中國，生物燃料包括生物乙醇和生物柴油兩個組成部分。生物乙醇市場的主要銷售渠道是中石油、中石化加油站。而生物柴油市場因為規模小，目前的主流渠道是廠家直供輔以民營加油站。由于生物乙醇的售價是與成品油聯動的，收購價格也按發改委相關文件執行，因此受渠道議價能力影響不大。但生物柴油市場由于沒有相關文件指導，生產、供應量偏小，客戶分散，市場渠道尚不穩定。有待政府更進一步的指導和扶持來實現常規化和穩定化。