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根據初衷可以看到，“985工程”的實質是確定一批基礎比較好的高校，由中央、部委、地方等出資建設。所以建設“985”高校大都通過高校、教育部、省政府、相關部委等多方簽署共建協議的方式推進。

 

2001年11月20日，財政部、教育部下發《“面向21世紀教育振興行動計劃”專項資金管理辦法（修訂）》，明確“行動計劃”資金來源于中央財政專項資金、地方財政專項資金、部門配套資金以及其他自籌資金。

 

專項資金的支持方向包括“為創建世界一流大學、高水平大學、一流學科等特殊專項的支出”，即“985工程”。

 

其中，中央專項資金重點用于優勢學科創新平臺和哲學社會科學創新基地建設，不能用于各單位的日常支出。其他資金則可根據學校“985工程”建設規劃進行安排。

 

在最初確定的北京大學和清華大學，3年內中央為兩所學校各撥專款18億元。它們也是僅有的兩所不需要與地方合作共建的“985”大學，從而顯示出其在中國教育界和政府定位中的獨特地位。

 

其后7所“國內一流、國際知名高水平大學”則在正常教育經費外，由中央、地方在3年內向每所學校各投入10億元左右經費。如中國科技大學，就由教育部、安徽省和主管單位中國科學院均攤，每家各3億元。哈工大、北航等還從國防科工局獲得了資金。

 

后來隨著“985”高校增多，教育部對各校定位不同，中央投入也有區別。這樣，地方撥款就成為了重要因素。比如在地方財政實力強的廣東和山東，中山大學、山東大學在各獲得教育部3億元撥款外，分別從省政府獲得9億、5億元。在西北的甘肅，蘭州大學在“985”二期也從教育部獲得3億元，從省政府獲得1.5億元。

 

“985工程”經費可以用在高校建設的各個方面。比如根據蘭州大學信息，4.5億元中用于蘭大第一、第二醫院建設資金各1000萬元。

 

根據各校的相關信息，“985工程”二期投入一般不低于一期。這樣，在為期6年的兩個“985工程”已實施期內，中央及地方投入有望超過500億元人民幣。此外，因為“985”高校均為“211工程”大學，因此還會獲得“211工程”撥款。

 

需要一提的是，在二期實施期間，部分地方和部委退出了合作。特別是在確定有部委參與后，一些地方政府不再出資。但目前各校至少保持了“教育部+1”的模式。

 

2010年3月16至17日，教育部、財政部在北京聯合召開“985工程”二期驗收大會。這標志著“985”二期結束。

 

能夠體現“985工程”評價標準的是，教育部、財政部“985工程”辦公室對工程10年統計材料的要求。根據這份2008年發至各校的文件，“教育部學位管理與研究生教育司和課題組主要負責收集能夠從公開渠道獲取的數據（如院士、973首席科學家、長江學者、國家重點實驗室、國家重點學科、獲國家級獎、SCI論文等）；學校提供的數據主要是反映‘985工程’投入對學校在培養和引進人才、國際交流與合作、吸引社會資源辦學等方面產生的積極影響和效益�！�

 

而在統計指標方面包括：博士學位教師，有海外博士學位的教師，國際學術獎項和名譽頭銜獲得者，被政府聘任的咨詢專家和顧問，學校專家為省部級以上單位的集體學習進行輔導的情況，收入明細，科研經費構成與成果轉化，國家大學科技園，主辦、舉辦、承辦國際學術會議等16項。