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    2006年，財政部、科技部共同制定了《國家重點基礎研究發展計劃專項經費管理辦法》、《國家科技支撐計劃專項經費管理辦法》、《國家高技術研究發展計劃（863計劃）專項經費管理辦法》和《公益性行業科研專項經費管理試行辦法》（財教[2006]159號、160號、163號和219號，以下簡稱《經費管理辦法》）。為進一步改革和加強科研經費管理，針對《經費管理辦法》執行過程中存在的需要進一步明確和解決的問題，現就相關國家科技計劃課題和公益性行業科研專項項目（以下統一簡稱課題）經費管理和使用的有關事項通知如下：

　　一、調整課題經費開支范圍
　　為適應科研活動規律的需要，落實財政科學化精細化管理要求，建立課題間接成本補償機制，將課題經費分為直接費用和間接費用。
　　1.直接費用是指在課題研究開發過程中發生的與之直接相關的費用，主要包括設備費、材料費、測試化驗加工費、燃料動力費、差旅費、會議費、國際合作與交流費、出版/文獻/信息傳播/知識產權事務費、勞務費、專家咨詢費和其他支出等。
　　2.間接費用是指承擔課題任務的單位在組織實施課題過程中發生的無法在直接費用中列支的相關費用。主要包括承擔課題任務的單位為課題研究提供的現有儀器設備及房屋，水、電、氣、暖消耗，有關管理費用的補助支出，以及績效支出等。其中績效支出是指承擔課題任務的單位為提高科研工作績效安排的相關支出。
　　間接費用使用分段超額累退比例法計算并實行總額控制，按照不超過課題經費中直接費用扣除設備購置費后的一定比例核定，具體比例如下：
　　500萬元及以下部分不超過20%；
　　超過500萬元至1000萬元的部分不超過13%；
　　超過1000萬元的部分不超過10%。
　　間接費用中績效支出不超過直接費用扣除設備購置費后的5%。
間接費用按課題統一核定，由課題承擔單位和課題合作單位根據各自承擔的研究任務和經費額度，協商提出分配方案，在課題預算（書）中明確，并分別納入各自單位財務統一管理，統籌安排使用。其中績效支出，應當在對科研工作進行績效考核的基礎上，結合科研人員實績，由所在單位根據國家有關規定統籌安排。課題承擔單位和課題合作單位不得在核定的間接費用以外再以任何名義在課題經費中重復提取、列支相關費用。

　　二、強化預算編制和評估評審要求
　　課題申請單位應當在認真學習理解《經費管理辦法》的基礎上，根據課題研究開發任務的特點和實際需要，按照政策相符性、目標相關性和經濟合理性的原則，科學、合理、真實地編制課題經費預算。課題直接費用各項支出不得簡單按比例編列。其中，勞務費預算沒有比例限制，課題申請單位應當結合單位實際和相關人員參與課題的全時工作時間，科學合理、實事求是地編制，并嚴格按照《經費管理辦法》規定的開支范圍使用；專家咨詢費預算應當按照《經費管理辦法》規定的標準據實編制；設備費預算編制中應當注意嚴格控制設備購置，鼓勵共享、試制、租賃專用儀器設備以及對現有儀器設備進行升級改造，確有必要購買的，單位應當對擬購置設備的必要性、現有同樣設備的利用情況以及購置設備的開放共享方案等進行單獨說明。
　　課題經費預算評估評審中，有關中介機構和咨詢專家應當科學合理地提出預算審核建議，不得簡單化地按比例核減課題直接費用預算。建立健全課題經費預算評估評審的溝通反饋機制。

　　三、加強資金撥付和結存結余經費的管理
　　科技部、相關主管部門應當按照部門預算管理的規定，提前組織課題立項等相關工作，并按照部門預算編報的時間要求及時將預算安排建議報送財政部，提高年初預算到位率。財政部及時審核并通過部門預算下達課題經費預算。科技部、相關主管部門應當按照財政國庫管理有關規定及時支付資金，財政部正式批復部門預算前可以從1月1日起按“二上”預算數的1/4支付資金。
　　課題承擔單位應當根據課題年度實施的實際需要申請預算，本著勤儉節約的原則合理安排支出，最大限度地減少資金的結存結余，提高課題年度預算的執行效率。
　　課題結存結余經費的管理按照《經費管理辦法》有關規定執行。課題結存經費是指未完成課題年度經費預算減去年度實際支出后的余額，課題在研期間，結存經費應當留由課題承擔單位結轉下一年度按規定繼續使用。課題結余經費是指課題結束或因故終止時，課題經費總預算減去實際總支出后的余額，因故終止課題結余經費還應當包括處理已購物資、材料及儀器、設備的變價收入。課題結余經費應當按原渠道收回科技部或相關主管部門，由科技部或相關主管部門按照財政部關于財政撥款結轉和結余資金管理的有關規定執行。