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    聯合基金Ⅱ期協議是在Ⅰ期（2009—2011年）協議執行情況良好的基礎上續簽的。聯合基金Ⅰ期總量為1.2億元，依托北京正負電子對撞機、蘭州重離子加速器及冷卻儲存環裝置、合肥同步輻射裝置、上海同步輻射光源4個裝置，面向全國受理申請。

    當天簽署的聯合基金Ⅱ期（2012—2014年）協議將基金總量增至1.8億元，目的是引導全國科研人員將自己的研究工作與我國的大科學裝置密切結合，充分發揮大科學裝置的科研支撐能力。一方面提升科學家的研究水平和創新能力，培養一批依托大科學裝置開展工作的研究隊伍；另一方面不斷更新和補充大科學裝置實驗終端的實驗能力，持續增強其多學科研究支撐能力。基金所依托的大科學裝置在Ⅰ期4個大裝置的基礎上新增加了穩態強磁場裝置。

    協議規定，聯合基金Ⅱ期主要支持研究內容包括：物質科學前沿領域的科學問題（物理、化學、材料）；信息領域的科學問題；生命領域的科學問題（包括生物物理與醫學）；環境和資源領域科學問題；學科交叉的科學問題等。