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南科大是在中國高等教育改革發展的宏觀背景下，深圳市委、市政府落實《國家中長期教育改革和發展規劃綱要》、《珠江三角洲地區改革發展規劃綱要(2008-2020)》要求，以新的思維和機制籌建的一所新大學。作為國家高等教育綜合改革試驗校，南科大承載著探索中國培養創新人才模式的重任。學校以理、工學科為主，兼有部分特色文、管學科；計劃一步到位按照亞洲一流標準組建專業學部和研究中心(所)，建成類似加州理工學院和洛克菲勒大學那樣小規模高質量的研究型大學。

 

目前南科大各項籌建工作正在進行，新校園正在建設過程中，首期工程2012年竣工。該校將通過充分借鑒世界一流大學的辦學模式，創新辦學體制機制；塑造追求卓越，學術自由和學者自律的大學精神；努力建立現代大學人事制度，構建起以學術為主導的學校內部管理體制。